Takopi’s Original Sin xoay quanh Takopi, một sinh vật ngoài hành tinh với hình dạng bạch tuộc đáng yêu, đến từ “hành tinh hạnh phúc” với sứ mệnh cao cả: mang lại niềm vui cho mọi người trên Trái Đất. Tuy nhiên, niềm tin về một thế giới tươi đẹp của Takopi nhanh chóng bị lung lay khi cậu gặp Shizuka Kuze, cô bé sống trong cảnh nghèo khó với một gia đình tan vỡ. Sự ngây thơ của Takopi khiến cậu không thể thấu hiểu hết những đau khổ chất chứa trong lòng Shizuka, và cậu hoàn toàn suy sụp khi chứng kiến cô bé tự sát ngay trong chương đầu tiên. Quyết tâm cứu rỗi Shizuka, Takopi dùng năng lực của mình để quay ngược thời gian, hy vọng có thể thay đổi bi kịch.